我公司是一家矿产企业，同事我单独核算代管的前期项目发生的费用问题

如果按代理服务操作，相应的发票应当直接开具给新公司，问题所述情况，发票已经开给贵公司，难以按代理服务操作。

贵公司可以依据自身情况选用以下方式操作：

一：作为前期调研费用处理，费用直接再贵公司账上处理，不再向新项目收取款项

在新公司尚未被批准筹建，贵公司作为投资者，为新成立公司发生的勘察设计、可行性分析、调查研究费用等支出，属于投资者为对外投资而发生的费用，应该由投资者自己承担，不应作为开办费在新成立公司入账，也不应在新成立公司税前列支。投资者为企业的，相关费用可以在投资者税前据实列支。

根据《企业所得税法》第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。

二：明确相关费用由新公司承担，直接将发票交由新公司入账

贵公司在签订勘察设计合同、开展相关服务等资料中明确，相关费用的服务对象是新公司，相关费用均由新公司承担，以证明业务发生的真实性。但采取这种方法，发票抬头不是新成立的公司，仍存在一定的风险。

三：贵公司向新公司收回款项，按照对应的项目向新公司收取费用、开具发票

即贵公司向新公司提供服务，真正的服务提供方向贵司提供服务。勘察设计按照6%开具设计费发票、其他日常管理服务，按照管理服务开具发票，适用6%的税率。该方式存在的问题是，贵公司可能不具备部分服务项目的资质，且直接平价开具，税务机关可能质疑价格偏低。

综上，问题所述勘察设计、报告编制等费用，我个人更倾向于属于前期的调研费用，直接按第一种方式处理。