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首先看持股主体，如果是公司法人转让其持有的股权，按照转让股权的对价减去该部分股权的成本后的利润计入公司当年应纳税所得额一并计算公司所得税。因此在某些情况下公司如果有可抵扣的亏损，是可以与股权转让所得额抵消的。如果没有可抵扣的亏损，则税率为25%。
如果是个人持股，则按照个人股权转让所得缴纳所得税，所得税率20%，个人所得税框架下没有任何可抵扣项。与之类似的是投资基金的主流形式有限合伙企业，有限合伙企业不属于公司制企业，不缴纳公司所得税而是按照GP和LP的组织形式先分后税，如果合伙人是公司法人则按照公司所得税计算，如是个人则按照个人所得税计算。但相对特殊的一点是有限合伙企业也可能存在经营活动带来的费用支出，不像公司可以有5年的亏损抵扣有效期，有限合伙企业的账面亏损。
但是一些地方政府出于吸引投资基金在当地纳税、扶持当地创业创新等动机，会有各类的税收地方留存按比例税收返还等政策，因此会有很多投资机构管理的投资基金注册地会集中出现在宁波、共青城、西藏、霍尔果斯等一些地方。
除了上述所得税外，股权转让还需要缴纳印花税，一般按照总额的万分之五缴纳，通常而言金额相比所得税可以忽略不计。
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