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员工出差过程中发生的相关费用属于与企业经营相关的费用，如员工垫付费用，企业可以根据实际情况报销，同时根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的规定，企业发生的与取得收入直接相关的、符合生产经营常规的必要和正常的支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。企业所得税税前扣除应符合三个基本原则：真实性、相关性、合理性。真实性是税前扣除的首要原则，要求纳税人提供证明支出确属实际发生的合法、有效凭证。
企业支付给员工的差旅费补助是对员工的额外现金补助，属于工资、薪金的一部分。关于差旅费补助的标准由财政部门制定，目前对企业无具体标准，仅对中央和国家机关以及参照公务员法管理的事业单位有明确的规定，具体内容请参见《中央和国家机关差旅费管理办法》。因此，一是建议凭实际发生的费用发票报销，二是制定差旅费管理制度，明确包干标准，该标准不能超出国家或当地规定标准。相关支出可以不并入工资，缴纳个税。
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