我公司是制造类企业，与非公司职员的个人合作产生的纳税问题

既然该合作对象并非本公司员工，则属于个人劳务。（工资、薪金所得是属于非独立个人劳务活动，即在机关、团体、学校、部队、企事业单位及其他组织中任职、受雇而得到的报酬；劳务报酬所得则是个人独立从事各种技艺、提供各项劳务取得的报酬。两者的主要区别在于，前者存在雇佣与被雇佣关系，后者则不存在这种关系。）作为个人独立劳务，应当向其取得发票。

按照发票管理办法及其实施细则的规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票；需要临时使用发票的单位和个人，可以凭购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动的有关业务合同、协议或者税务机关认可的其他资料、经办人身份证明，直接向经营地税务机关申请代开发票。

这种情况下，法定开具发票、申报纳税义务属于承担独立劳务的个人，而非本公司。公司与个人可以通过约定费用的方式实际承担税费，但无法改变法定义务人。至于说到另找公司走账，因为不符合业务实际情况，亦不可取。（任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。）

个人申请代开发票时，依照税收法律、行政法规规定应当缴纳税款的，税务机关应当先征收税款，再开具发票。主要涉及增值税（3%，月金额3万元以下免征）及附加（按照增值税一定比例附征）、个人所得税（附征，多为1%或者2%）等。