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您好，首先确认下，销售方与某公司签订合同，这个签订合同的意思，是否意味着销售方是向某公司销售货物？如果不是，为什么要与某公司签订合同？
个人认为，如果销售方向某公司销售货物，就与某公司签订合同，开具发票给某公司。由某公司的母公司支付款项，在增值税政策上，并不违反《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发[1995]192号） 规定的“购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象。 纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、 提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣”的规定，也就是说，192号文件规定的是开票方与收款方不一致，才不能抵扣进项税，而付款方与开票方不一致，192号文件并未涉及不能抵扣进项税的问题。
因此，销售方与某公司签订合同，销售货物给某公司，发票开给某公司，母公司付款给销售方，并不违反192号文件的规定。但要签订代为支付协议。但如果发票开给母公司，则个人认为有虚开发票的嫌疑。
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