我公司和客户签订了一个项目合同，收入按照百分比完工法确认。现在，终验证书中，客户明确写明由于质量问题，他们要求少付5万元。针对这5万元的处理，1.是否开增值税发票时，把这5万元扣除；2.是否计算收入时，把这5万元扣除？谢谢。
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根据《企业会计准则第14号——收入》第七条、第八条规定，销售商品涉及商业折扣的，应当按照扣除商业折扣后的金额确定销售商品收入金额。企业已经确认销售商品收入的售出商品发生销售折让的，应当在发生时冲减当期销售商品收入。（商业折扣，是指企业为促进商品销售而在商品标价上给予的价格扣除。销售折让，是指企业因售出商品的质量不合格等原因而在售价上给予的减让。）因此，上述情形可以参考商业折扣、销售折让处理，直接按照扣除后的实际金额确认收入。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第六条和《增值税专用发票使用规定》（国税发[2006]156号）第十一条、第十四条规定，销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。开具发票应当与实际交易相符。一般纳税人取得专用发票后，发生销售折让的，则应按照规定程序开具红字增值税专用发票。就是说，上述质量问题扣除时，若尚未开具发票，则可按照扣除后的实际金额开具；若已开具，则可依法开具红字发票。
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