根据现有企业所得税法，查账征收的居民法人企业应当自年度终了之日起5个月内，向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴。很多法人企业在所得税汇算清缴中会遇到当期（包括前期）亏损如何处理的问题，仲企小编将对此问题一一梳理，分享给大家。
《企业所得税法》第十八条规定，企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。具体又要分以下几种特殊情况：
免税收入、减计收入等项目不得弥补应税项目亏损
《国家税务总局关于做好2009年度企业所得税汇算清缴工作的通知》（国税函〔2010〕148号）规定，企业取得的免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目，不得弥补当期及以前年度应税项目亏损；当期形成亏损的减征、免征所得额项目，也不得用当期和以后纳税年度应税项目所得抵补。
例1：ABC投资有限公司上年度应税项目经营亏损为200万元，本纳税年度收入总额为9000万元，其中不征税收入100万元，免税收入39万元，各项扣除8900万元，本期应纳税所得额-39万元（9000-100-39-8900），年终亏损额合计为239万元。
在本案例中，免税收入39万元不可以用于弥补上年度及本年度亏损239万元。
例2：ABC投资有限公司上年度应税项目经营亏损为200万元，本纳税年度应税收入9861万元，可扣除成本9000万元，当期应纳税所得额861万元（9861-9000）；免征所得额项目-100万元。
本案例中，当期应纳税所得额861万元，不可以弥补免征所得额项目-100万元。
被投资企业亏损，投资企业不得调减投资成本和确认投资损失
《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第34号）第五条第二款规定，被投资企业发生的经营亏损，由被投资企业按规定结转弥补；投资企业不得调整减其投资成本，也不得将其确认为投资损失。
例3： ABC投资有限公司在异地投资设立全资子公司（QW子公司），投资初始成本为1300万元。2017年度 QW子公司亏损280万元，总公司ABC投资有限公司不得调减投资初始成本1300万元。
境外分支机构的亏损管理
境内盈利不可抵减境外亏损，境外应税所得可弥补境内亏损。企业所得税法规定，企业在汇总计算缴纳企业所得税时，其境外营业机构的亏损不得抵减境内营业机构的盈利，但境外营业机构的应税所得可弥补境内亏损。
例4：某境内A企业在B国设了一家分支机构，2017年该分支机构亏损20万人民币，境内机构当年盈利500万人民币，假设不考虑其他因素，当年该企业应纳企业所得税125万元（500×0.25%），境外分支机构20万人民币的亏损当年不可抵补当年境内应纳税所得额，但可在下年5年内弥补自身亏损。
再假设某境内A企业在B国设了一家分支机构，17年该分支机构盈利20万人民币，境内机构当年亏损500万人民币，假设不考虑其他因素，当年该企业应纳企业所得税0万元，境外分支机构20万人民币的盈利当年可抵补境内亏损。
企业合并、分立中的亏损如何结转弥补
根据《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）和《国家税务总局关于发布〈企业重组业务企业所得税管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2010年第4号）规定，企业合并、分立亏损弥补主要有以下4种情况：
1.适用一般性税务处理的合并，被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补；
2.适用一般性税务处理的分立，相关企业的亏损不得相互结转弥补；
3.适用特殊性税务处理的合并，可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额＝被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率；
4.适用特殊性税务处理的分立，被分立企业未超过法定弥补期限的亏损额可按分立资产占全部资产的比例进行分配，由分立企业继续弥补。
例5：2017年AQ有限公司吸收合并了大丰物流有限公司，假设该合并被确认为一般性税务处理合并，合并截止日，被合并企业大丰物流有限公司累计亏损300万元。2017年AQ有限公司应纳税所得额23000万元。根据上述规定，2017年AQ有限公司汇算清缴时，不得将被合并企业（大丰物流）亏损额300万元予以弥补。
例6：2017年AQ有限公司吸收合并了大丰物流有限公司，假设该合并被确认为适用特殊性税务处理合并，合并截止日，被合并企业大丰物流有限公司累计亏损300万元，净资产公允价值9000万元，截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率4.76%，2017年AQ有限公司应纳税所得额23000万元。根据上述规定，2017年AQ有限公司汇算清缴时，被合并企业累计亏损弥补限额428.4万元（9000×0.0476）。2017年AQ有限公司应纳所得税额22571.6万元（23000-428.4）。
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